Praktyczne narzędzie do projektowania primerów
PerlPrimer to bezpłatna, open-source'owa aplikacja GUI napisana w Perlu, która służy do projektowania primerów dla standardowego PCR, bisulfitowego PCR, real-time PCR (QPCR) oraz sekwencjonowania. Program ma na celu automatyzację i uproszczenie procesu projektowania primerów. Jego funkcje obejmują obliczanie możliwych dimerów primerowych, pobieranie sekwencji genomowych lub cDNA z bazy Ensembl oraz możliwość przeprowadzania wyszukiwania BLAST dla primerów. Wyniki można zapisać lub wyeksportować w formacie zgodnym z większością aplikacji arkuszy kalkulacyjnych.
PerlPrimer oblicza temperaturę topnienia primerów, korzystając z zaawansowanych parametrów termodynamicznych. Program pozwala na dostosowanie warunków PCR, takich jak stężenie Mg2+, dNTP oraz primerów, co prowadzi do wysokiej dokładności przewidywania temperatury topnienia. Narzędzie jest kompatybilne z różnymi systemami operacyjnymi, w tym Windows i GNU/Linux, a użytkownicy zgłaszali również sukcesy w korzystaniu z programu na Mac OS X. PerlPrimer to istotne wsparcie dla badaczy w dziedzinie bioinformatyki.
